Au XIe siècle, dans la période de sa plus grande prospérité, l'abbaye n'avait pas de lieu digne des reliques du Pères des moines d'Occident, saint Benoît, patron du lieu. Aussi l'abbé Guillaume (vers 1067) et ses successeurs, entreprennent la construction de la crypte, puis du sanctuaire. En 1108, cette première partie est achevée. Le chantier ne reprend que vers 1160 et lentement la construction de la nef progresse jusqu'à la tour-porche.
La construction s'achève probablement en 1218, par la journée solennelle de la dédicace, le 26 octobre.